Mesquite

2023 年 6 月 16 日　改訂
井上 潤
Mesquite は系統解析に用いるファイルのエディティングや祖先形質の推定を行うプログラムです．MacClade の次世代バージョンとも言えます．

つい最近まで MacClade ばかり使っていましたが，Mac の OS である Lion からついに MacClade が使えなくなりました．このためようやく Mesquite を使い始めました．良いチュートリアルなどは見つけられませんでしたが，ようやく使い方に慣れてきました．やはり，他に逃げ道がないと，なんとか覚えられるものです [2012 年 11 月]．しかし，アライメントのエディット機能などは，まだまだ MacClade には及ばないです．
Help 機能で調べる



cDNA 配列をアミノ酸によって色分けする

まず，Characters>List of Characters によってcDNA 配列にコドンポジションを割り当てます*． その後，Matrix>Color Matrix Cells>Color Nucleotide by Amino Acid　を選択してください．
*注意：Characters>

Mesquite マニュアルを参照しました．
サイトに footnote を追加する
Characters > Extra Matrix Editor で別のページを開かないとメモができないようです．
こちらを参考にしました．
祖先形質を最尤推定する
  • Mesquite を起動して，新しいファイルを開いて，名前をつけて保存する．
    File > New

  • New File Options の画面が出てくる．
    Make Taxa Block と Make Character Matrix はチェックしたままにする．
    Name に名前，Number of Taxa に OTU の数を記入する．

  • New Character Matrix の画面が出てくる．
    Name of character matrix を記入する．
    Number of characters を記入する．
    Type of Data は Standard Categorical Data にして，OK を押す．

  • Taxa の名前と形質を数字で入力する．形質の種類も記入しておく．

  • Matrix > Edit State Names に番号に相当する形質状態を記入する．

  • Character Matrix "XXXXXX" のタブを押して，OTU と形質のリストに戻る．

  • Taxa&Trees > New Tree Window で適当な Tree を作成して保存．
    Mesquite を終了．

  • ファイルを Editor で開く．
    「setTree ....」の行にある tree をあらかじめ用意しておいた 樹長付き tree と入れ替える．

  • 再び Mesquite を立ち上げる．tree が表示されている画面で，Analysis > Trace Character History を選ぶ．

  • Select 画面では，Likelihood Ancestral States, Stored Probability Model を選ぶ．

  • Choose model では，MK1 (est.) を選ぶと，系統樹が色付きで表示される．

  • Drawing > Tree Form > Balls&Sticks を選ぶ．
    Drawing > Orientation > Right を選ぶ．
    Drawing > Line Style > Square を選ぶ．
    Drawing > Line Style > Centered branches を選ぶ．
    Drawing > Branch Length Lavel > Show Labels チェックがチェックされていたら外す．

  • Edit > Save Tree as PDF で系統樹を保存し，Illustrator に持ってゆく．

    * 祖先形質の推定に関しては，千葉大・Plant systematics lab ・「講義メモ: MESQUITE のごく簡単な使い方」を参照にしました．このサイトがなくなった場合を考えて，ほとんど同じ内容ですがインストラクションを書いておくことにしました．
ギャップだけからなるサイトを削除する．
Matrix > Alter/Transform > Remove Gaps-Only Characters により削除できます．

ここで示すように，Mesquite は Help が有用です．Google 検索でやりたいことが書いてある Mesquite のページに到達して，キーワードとなる単語を拾います．その後 Help を使えば良いです．



Unrooted tree を Rooted tree に変更する．
系統樹探索プログラムによって，得られる tree の根幹が二分岐だったり三分岐だったりします．Mesquite を使うと，data file を使うことなく，根幹三分岐の tree (樹長付き) を二分岐に変更することができます．MrBayes の .t ファイルにある tree を一気に変更することもできます．

Mesquite を開いて，File > Open File... から tree file を選びます．tree file に tree がたくさん入っていると，読み込みに時間がかかります．

OK を押します．

画面から，List & Manage Taxa を選びます．

Out group にしたい OTU を一度ずつクリックして選びます．


FIle > Export ... を選びます．

Export format 画面では Export NEXUS Tree File from Tree Source を選びます．

Tree Source 画面では Transform Trees from Other Source を選んで OK を押します．

Source of trees to be transformed .... という画面では，Use Trees from Separate NEXUS file を選んで OK を押します．

Tree file を選んで OK を押します (Tree file を読み込むのは二回目です)．

Transformer of trees では Root tree with selected taxa as outgroup を選んで OK を押します．


Export NEXUX Trees file メニューでは，何も書かないで Export を選びます．

最後のところで，tree file に含まれている以上の tree を計算しているような画面が出るバグがあります．気味が悪いですが，Stop を押して終了させると，目的とする treefile が得られています [2009 年 8 月]．

Exporting from a Tree Source に従って以上の作業を行いました．私が練習用に作った tree file はこちらです．
* 50000 本の tree を含むファイルではフリーズしました．5000 本ずつに tree を分けたらうまく動いてくれました．

リンク
PDF マニュアル．