井上潤：MacClade

MacClade

2009 年 11 月 17 日　改訂
井上潤

MacClade は，系統解析に用いる塩基 (アミノ酸) 配列をエディティングするソフトウェアです．祖先配列の推定や tree search などの機能もありますが，保存形式の変換や手動アライメント，topology 作成などの使い勝手の良さと美しさに関しては，MacClade の右に出るソフトウェアは無いと思います．さらに PAUP と互換性が良いことでも有名です．私の場合は，系統解析に際しては MacClade を使用している時間が最も長いと思います．

ぜひ一度，MacClade と一緒に入っている Movie を見てください (MacClade 4 -> MacClade Manual -> Movies)．手作業で楽しくアライメントできることがわかると思います．

アライメントファイルは基本的に MacClade で保存しておくと良いです．MacClade は手動でアライメントを行いやすいうえに，NBRF 形式で保存すれば，ドラッグ & ドロップで自動的に concatenate してくれます (最近バージョンアップされて，Fast や GenBank 形式も同様の操作が可能になりました)．この場合 OTU の名前を統一しておく必要があります．

注意： MacClade は Mac の OS, Lion 以降では使えないとウェブサイトに書いてあります．今後は Mesquite に慣れる必要があります．

MacClade で複数のファイルを開く

MacClade を立ち上げると，ファイルは一つしか開くことができません．しかしアプリケーションを duplicate すれば，アプリケーションごとにファイルを開くことで，複数のファイルを同時に編集することができます．

Nexus 形式からデータパーティションを書き出す

以下の PAUP block を Sequence block の下にを設定し，PAUP で読み込んで execute します．「PHYLIP」を「NEXUS」に変更すれば，nexus 形式でも出力できます．

BEGIN PAUP;

charset 1st_pos = 1-3716;
charset 2nd_pos = 3717-7432;
charset tRNA = 7433-8865;
charset rRNA = 8866-11681;

Include 1st_pos/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.1st;

Include 2nd_pos/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.2nd;

Include tRNA/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.T;

Include rRNA/only;
Export Format=PHYLIP FILE=testseq.R;

END;

塩基配列データで 3rd codon を外したい場合は，Exclude で 3rd_codon を指定します．

BEGIN PAUP;

CHARSET 1st_codon = 1-10974\1;
CHARSET 2nd_codon = 2-10974\2;
CHARSET 3rd_codon = 3-10974\3;

Exclude 3rd_codon/only;
Export Format=PHYLIP FILE=12GenesEx3rd.phylip;

END;

OTU の順番を Tree に従って並べ替える

あらかじめ並べたい順序になっている Tree block を作成しておいて，ファイルを開きます．コマンド + T で tree モードにして，Taxa -> Reordered by Tree を選択してください．これを保存します．

コマンド + E でアライメントモードに戻れば，Tree の順序にアライメントが変更されているはずです．

Reverse and complement

コマンド A で全配列を選んでください．
Utilities から Complement を選び，その後 Reverse を選びます．

Amino acid color