井上潤：BEAST

BEAST via Condor

2007 年 10 月 4 日改訂
井上潤

　このページは Condor という Supercomputer の管理システムを用いて Beast の解析を行うための個人的なメモです．Beast の一般的な操作方法に関してはこちらをご覧下さい．

Unix での操作

./best1 3GTR_12tr39Noto100.xml

Unix 上では，基本的に上のコマンドで操作する．best1 の内部にはシェルスクリプト (?) が書いてある．

[inoue@petal 12tr_39Noto_fol]$ pwd
/home/inoue/b40Noto_beast/12tr_39Noto_fol

[inoue@petal 12tr_39Noto_fol]$ cat beast1

#!/bin/sh

if [ -z "$BEAST" ]; then
## resolve links - $0 may be a link to application
PRG="$0"

# need this for relative symlinks
while [ -h "$PRG" ] ; do
ls=`ls -ld "$PRG"`
link=`expr "$ls" : '.*-> $.*$$'`
if expr "$link" : '/.*' > /dev/null; then
PRG="$link"
else
PRG="`dirname "$PRG"`/$link"
fi
done

# make it fully qualified
saveddir=`pwd`
BEAST0=`dirname "$PRG"`/..
BEAST=`cd "$BEAST0" && pwd`
cd "$saveddir"
fi

BEAST_LIB=$BEAST/lib
java -Xms64m -Xmx256m -Djava.library.path=./ -jar ./beast.jar $*

Condor での操作

condor のバッチファイル．3 ～ 4 job しか走らせることができない．それ以上は自動的に止まってしまう．

[inoue@petal 12tr_39Noto_fol]$ cat yaju_condor_100.txt

initialdir = /home/inoue/b40Noto_beast/12tr_39Noto_fol
Rank = kflops

Executable = ./beast1
Universe = vanilla
requirements = (OpSys =="LINUX" && Arch =="X86_64")

should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_input_files = beast.jar,3GTR_12tr39Noto100.xml

arguments = 3GTR_12tr39Noto100.xml
notification = NEVER
output = Yaju100.out
error = Yaju100.errror
log = Yaju100.log

Queue

Lower constraints への LognormalDistribution の設定
(v1.4.6 → v1.3)

1. uniform の設定を無効にする．

2. distributionLikelihood を設定する．
各種 tmrcaStatistic の設定後に，以下の行を挿入 (黒字を Node 名に変更)．

<distributionLikelihood id="tmrca(HoloTele)Like">
<distribution>
<logNormalDistributionModel offset="2.84" meanInRealSpace="true">
<mean>3.0</mean>
<stdev>0.51</stdev>
</logNormalDistributionModel>
</distribution>
<data>
<tmrcaStatistic idref="tmrca(HoloTele)"/>
</data>
</distributionLikelihood>

3. distributionLikelihood を mcmc サンプリングさせる．
<mcmc id="mcmc" ～> で始まる mcmc の設定で，monophylyStatistic の記述の後に，

<distributionLikelihood idref="tmrca(HoloTele)Like"/>

を加える．

4. colum を log に加える．
<log id="screenLog"～> で始まる log の設定で，

<column label="HoloTele" sf="4" width="8">
<tmrcaStatistic idref="tmrca(HoloTele)"/>
</column>

を加える．

5. distributionLikelihood の log をとる．
<log id="fileLog"～> で始まる log の設定で，tmrcaStatistic の記述の後に，

<distributionLikelihood idref="tmrca(HoloTele)Like"/>

を加える．

参考:

column label
prior distribution の求め方
 calibration lognormal priors