Trinity のインストール

 
2020 年 10 月 11 日 改訂

トランスクリプトーム解析専用のアセンブラ Trinity のインストール方法を紹介します.使い方はこちらに書きました.

Miniconda を使ったインストール

1. Miniconda のインストール

Miniconda 環境構築 に従ってインストールしました.

Miniconda のダウンロードのページからリンク先をコピーsし, wget で以下のページから Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh のダウンロードしました.



2. Conda を使った Trinity のインストール

Anaconda

のページから Trinity を検索し,Bioconda のトリニティのページ
https://anaconda.org/bioconda/trinity に入ります.そこで左下にある,

conda install -c bioconda trinity

というコマンドをコピーし,linux に入力します.


個別にインストール

Trinity: Installing Trinity に従います.Github から最新のファイルをダウンロード & 解凍してください (Trinity-v2.8.4 Patch Release をダウンロードしました).その後ディレクトリに入って,

make
make plugins

と入力するだけです.OIST のスパコンでも,sudo なしでインストールできました.数分で終わります.おそらく、cmake のインストールも必要です (以下)。

インストールをやり直す場合は,make clean をまず行ってください.

2020 10 月にインストールを試したました。すると、2.11.0 は make できませんできませんでしたが、v2.8.4 は make できました.

cmake: Trinity をインストールのため,make を行ったところ,cmake のバージョンが古い,という以下のメッセージが得られました.

[cluster:trinityrnaseq-Trinity-v2.8.4]$ make
Using gnu compiler for Inchworm and Chrysalis
cd Inchworm && make
make[1]: Entering directory `/work/SatohU/0inoue/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.8.4/Inchworm'
mkdir -p build
cd build && cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="" ../ && make DESTDIR=../ install
CMake Error at CMakeLists.txt:1 (cmake_minimum_required):
CMake 3.1 or higher is required. You are running version 2.8.11

そこで,こちらのサイトに従って,cmake をインストールしました.数分で終わりますが,Trinity のインストールより若干時間がかかります.

0) まず,解析ディレクトリに build ディレクトリを作成しました.

[cluster:build]$ pwd
/work/SatohU/0inoue/build

1) CMake のサイトから,Latest Release (3.12.3) である Unix/Linux Source (has \n line feeds) cmake-3.12.3.tar.gz をダウンロードしました.このとき,cmake-3.13.0-rc2.tar.gz のように rc が名前に入っているファイルは選ばないでください.これは release notes であり,開発に携わる人が使うバージョンのようです.

[cluster:build]$ wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.3.tar.gz
[cluster:build]$ tar zxvf cmake-3.12.3.tar.gz
[cluster:build]$ cd cmake-3.12.3/

2) software というディレクトリを作成し,ここに cmake が入るように,インストールを行いました.--no-system-libs オプションは外しました.softowares/cmake-x.xx.x ディレクトリは、以下の操作、make install 後に、自動的に作成されます (bin, doc, share という各ディレクトリも)。

./bootstrap --prefix=/work/SatohU/0inoue/software/cmake-3.12.3

3) make
4) make install
5) ~/.bashrc に以下の行を記述し,source ~/.bashrce で読み込ませる.

export PATH=/work/SatohU/0inoue/software/cmake-3.12.3/bin:$PATH

*module avail で cmake が出る環境では,以下のコマンド (module load clustalw2.gcc/2.0.12) を行えば,cmake の新しいバージョンがロードされます.ただし,slurm などのスケジューラーを使う時は,job fileにある trinity 解析行の前に、この行を記述する必要があります.

[cluster:software]$ module avil
...
cmake/3.11.4 ngsDist/1.0.2
cmake/3.2.1 ngsF-HMM/0.0.1b
...
[cluster:software]$ module load clustalw2.gcc/2.0.12


bowtie2: こちらを参考にしました.


jellyfish: マニュアルに従ってください.スパコンで sudo コマンドが使えないので,インストールするディレクトリだけ,configure 実行時に指定しました.

./configure --prefix=/work/SatohU/0inoue/software/jellyfish-1.1.12

make

make install


salmon: Trinity のオフィシャルページでは,Salmon's documentation のページが紹介されていますが,cmake の設定などよくわからなかったです.このため,オフィシャルページからコンパイル済みのものをダウンロードしました.

 オフィシャルページの code から GitHub に入ります.XX release タブを押して,salmon-0.11.3-linux_x86_64.tar.gz をダウンロードしました.コンパイル済みのプログラムは,bin/salmon に入っています.インストールはこれで終了です.


sometools: 基本的には以下のコマンドです。

./configure --prefix=/bucket/XxxxU/inoue/softwares/samtools-1.11

make

make install