blat

2009 年 9 月 17 日 改訂
井上 潤

blat は,blast よりも高速な相同性検索ツールです.

blat local
こちらから,それぞれの PC にあったフォルダーをダウンロードしてください.もとのページはこちらの Downloading Blat source and documentation です.macIntel はコンパイル不要でした.例題はこちらです.

blat DB_Human.fast Query -prot output.psl

DB_Human.fast:
データベースです.fasta フォーマットです.
Query:
クエリ配列です.これも fasta フォーマットです.
-prot:
データベースとクエリはアミノ酸配列なので,-prot をつけます.
output.psl:
アウトファイルです.

リンク集
web version

web version は検索する対象が限られてしまうようです.

UCSC Genome Bioinformatics

User Guide