UCSC Genome Browser

 
2019 年 9 月 6 日 改訂
井上 潤

UCSC Genome Browser のサイトは,米国カリフォルニアサンタクルーズ校が開発,維持しているゲノムブラウザ (遺伝子のゲノム上の位置やその周辺をにアノテーションされた要素を表示するツール) です.ゲノムレベルのアライメンも作成・提供しています.

コーディネートのバージョン変換

Lift Genome Annotation (liftOver).以下の例では,hg19_3.bed.tar.gz をアップロード&変換しています.

Biostars に,バージョン変更の方法がデータベースごとにまとめられています.
M.U. さんから教えてえいただきました.ありがとうございました (2019 年 8 月).

GTF ファイルのダウンロード
Table Browser から行います.UCSC Table Browser を使い倒す 2011 の後半を参照しました.ありがとうございました (2019 年 8 月).
UCSC_retrieveClosestGene.tar.gz を使えば(以下),CNS のコーディネートから,最も近いタンパク質遺伝子の情報を得ることができます(2019 年 9 月).


リンク集

UCSC Genome Browser を使って遺伝子を検索し,ゲノムブラウザ上にさまざまな情報を表示する (統合テレビ)

興味ある遺伝子を検索し,ゲノムブラウザ上でどのような情報が表示できるか,またその方法について.

UCSC Genome Browser の使い方〜表示+ENCODE 編 (統合テレビ)

データの表示方法.ENCODE project のデータの表示方法.

UCSC ゲノムブラウザ・チュートリアル

解説.

Conservation Track Settings

NCBI のサイト.アライメントを行った手順が書かれています.

UCSC Table Browser を使い倒す (統合テレビ)

UCSC Table Browser の使い方が紹介されています.Table Browser は,UCSC Genome Browser で閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ,欲しいデータだけに絞り込んで閲覧するサービスです (統合テレビより).
例 1: 転写因子結合サイト (TFBS) を UCSC Genome Browser で閲覧.
例 2: RafSeq データを GTF ファイルで取得.

転写因子の予測結合領域を調べる

結合解析ウェブアプリケーションである Galaxy を使います.