condor を用いて PAUP を操作する
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2007 年 4 月 11 日 改訂
井上 潤 |
このページは condor という Supercomputer の管理システムを用いて PAUP unix version の解析を行うための個人的なメモです.PAUP の unix version に関してはこちらをご覧下さい. |
Condor で PAUP を動かし,パラメーターを最尤推定する. |
[inoue@phoenix 12tr_b40Noto_fol2]$ cat paup_condor.cmd # paup running in Condor vanilla Universe initialdir = /home/inoue/b40Noto_fol/12tr_b40Noto_fol2 Rank = kflops Executable = /usr/common/i686-linux/bin/paup Universe = vanilla requirements = (OpSys =="OSX" && Arch =="PPC") || \ (OpSys =="WINNT51" && Arch =="INTEL") || \ (OpSys =="LINUX" && Arch =="INTEL") || \ (OpSys =="LINUX" && Arch =="ALPHA") || \ (OpSys =="LINUX" && Arch =="X86_64") should_transfer_files = YES when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT transfer_input_files = paup_12tr_40Noto.nex, Parms_estimate notification = complete notify_user = inoue@scs.fsu.edu arguments = Parms_estimate -n -f output = EstParms.iout error = EstParms.error log = EstParms.log Queue |
[inoue@phoenix 12tr_b40Noto_fol2]$ cat Parms_estimate #nexus begin paup; log file=paup_log; execute paup_12tr_40Noto.nex; [tree ファイルは seq file の後ろに付けないと動かない] set crit=likelihood; lscores 1/nst=6 rmatrix=est basefreq=estimate rates=gamma ncat=8 shape=estimate pinvar=estimate; end; |
Constrain を設定して最尤樹を推定する |
[inoue@petal041 Green66Con]$ pwd /a/fs/guests/users/inoue/paup_dir/NotoCon/32NotoCon/Green66Con[inoue@petal041 Green66Con]$ pwd |
#NEXUS begin paup; log file=log; execute Noto32neo12tr; set crit=likelihood; lset nst=6 rates=gamma; loadconstr file=const.tree; hsearch constraints=Green66ConB enforce=yes; savetrees file=hser_Green66B.tre replace; quit; end; /a/fs/guests/users/inoue/paup_dir/NotoCon/32NotoCon/Green66Con |
const.tree
#NEXUS |
MrBayes などの .tree ファイル (AngTet97_12tr.nex.run3.t) を読みとり,consensus tree を作成する.
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以下の Paup block を vi で作成して名前を付けて保存し,PAUP で実行する ただし,suporting values は tree file に書き出されない. |
#NEXUS begin paup; execute AngTet97_12tr.nex; gettrees allblocks=yes StoreTreeWts=yes file=AngTet97_12tr.nex.run3.t mode=3; contree all/strict=no majrule=yes usetreewts=yes showtree=yes treefile = AngTet97_12tr_Bayes.tre; end; |
* Do you want to "deroot" the tree(s)? (Y/n) は n と答える.Y と答えるとうまく行かない. |