HMMTOP は配列から膜通過タンパク質の立体構造を推定するプログラムです．SOSUI では 1 OTU のみから構造を推定しますが，HMMTOP はアライメントを行った複数の配列から立体構造を推定してくれます．Web 上で配列をペーストすると，すぐに二次構造を推定してくれます．

*数値は膜通過部位を示しています．

• 20 種類ぐらいまで解析可能です．30 種だと解析がストップしました．
• 分類群にあまり関係ないようで，間違える部分は哺乳類と条鰭類でほとんど同じでした．