GENESCAN

2010 年 7 月 27 日 改訂
井上 潤

GENESCAN は gene prediction を行うソフトウェアです.生配列からエクソンやイントロンに別れた遺伝子を見つけ出します.

 例題

Augustus のページにある例題に従って,クエリ配列を得てください.

fasta ファイルをアップロードします.Run GENSCAN を押すと解析が始まり,30 秒ほどで結果が得られました.

全部で 48 個の遺伝子が見つかりましたが,エキスパートの話では半分位嘘であろう,ということです.

Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..
----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------
5.00 Prom + 22881 22920 40 -6.36
5.01 Init + 30316 30426 111 0 0 63 86 93 0.940 6.81
5.02 Intr + 30687 30913 227 2 2 127 52 164 0.997 13.48
5.03 Term + 30984 31923 940 0 1 122 38 273 0.770 17.28
5.04 PlyA + 32060 32065 6 -3.94

5 個目の遺伝子を例に説明します.エクソンが 3 つ見つかっています.それぞれのエクソンについて p value が 0.770〜0.997 と高い値が得られています.最後は Poly A です.