Phytozome 13

ゲノムデータベース。植物のゲノム情報が幅広く集約。E-mailなどを登録してログインすると、ファイルをダウンロードできる。トップページの右側に、大まかな系統関係にそってデータが整理されている。緑色植物（Viridiplantae）は Embryophyte (陸上植物＋接合藻類)と Chlorophyte 藻類に大きく別れる。ただし、Phytozomeには接合藻類のデータが入っていない (CF さん)。

Fernbase

シダゲノムのデータベース (CF さん)。リンク切れ？ Li et al.(2018) 。

PLAZA

植物のゲノムデータベース。CDSファイルをダウンロードできる。ゲノム全体がカバーされてはいない印象。裸子植物トランスクリプトームデータベースはこちら (CF さん)。

 

Huang X, Wang W, Gong T, Wickell D, Kuo LY, Zhang X, Wen J, Kim H, Lu F, Zhao H, et al. 2022.
The flying spider-monkey tree fern genome provides insights into fern evolution and arborescence. Nat Plants 8:500-512.

ヘゴゲノム (CF さん)。

Liu et al. (2021)
The nearly complete genome of Ginkgo biloba illuminates gymnosperm evolution. Link.

イチョウゲノム論文。

Cheng S, Xian W, Fu Y, Marin B, Keller J, Wu T, Sun W, Li X, Xu Y, Zhang Y, et al. 2019.
Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell 179:1057-1067 e1014. link.

接合藻類 (陸上植物の姉妹群) ゲノム論文 (CF さん)。

Szovenyi P, Gunadi A, Li FW. 2021.
Charting the genomic landscape of seed-free plants. Nat Plants 7:554-565.

分類群の系統関係やゲノムの解読の最近の状況 (Fig. 1) (CF さん)。

Jiao C, Sorensen I, Sun X, Sun H, Behar H, Alseekh S, Philippe G, Palacio Lopez K, Sun L, Reed R, et al. 2020.
The Penium margaritaceum Genome: Hallmarks of the Origins of Land Plants. Cell 181:1097-1111 e1012.

Penium genome Database (CF さん)。

Li FW, Nishiyama T, Waller M, Frangedakis E, Keller J, Li Z, Fernandez-Pozo N, Barker MS, Bennett T, Blazquez MA, et al. 2020.
Anthoceros genomes illuminate the origin of land plants and the unique biology of hornworts. Nat Plants 6:259-272.

日本語の解説。

Cheng S, Xian W, Fu Y, Marin B, Keller J, Wu T, Sun W, Li X, Xu Y, Zhang Y, et al. 2019.
Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell 179:1057-1067 e1014.

MarpolBase。タイ類 (liverworts) のデータベース。MpTak1_v5.1r2 (実験で汎用されている雄標準株Tak1のreference genome)
MpTak_v6.1 (雄標準株Tak1 genome + 雌標準株Tak2 U-chr).
Marchantialesは分子進化が遅いのが特徴 (CF さん)。

One Thousand Plant Transcriptomes I. 2019.
One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. Nature 574:679-685.

幅広い系統の植物のトランスクリプトーム (CDSファイル) が入手できる (CF さん)。

Li FW, Brouwer P, Carretero-Paulet L, Cheng S, de Vries J, Delaux PM, Eily A, Koppers N, Kuo LY, Li Z, et al. 2018.
Fern genomes elucidate land plant evolution and cyanobacterial symbioses. Nat Plants 4:460-472.

Fernbase。Szovenyui et al. (2021) Fig. 1 にある、Azolla, Salviniaのダウンロードサイトがある (CF さん)。