自分でコンパイルしたプログラムを Condor で動かす
〜RAxML BS 解析を例に〜


[inoue@petal TrCyt57Act_RMBS]$ pwd
/home/inoue/CybMem_RABS_Act57/TrCyt57Act_RMBS

RAxML のダウンロードファイルにある全てのソースコードから，BBEdit を用いてoptimizeRateCategories とこれに関わる行を取り除いた．compile の後に raxmlHPC というプログラムを NonG_raxmlHPC という名前に変更した．
S_RMBS_com.pl
condor_submit ファイル
initialdir = /home/inoue/CybMem_RABS_Act57/TrCyt57Act_RMBS
Rank = kflops

Executable = ./NonG_raxmlHPC
Universe = vanilla
requirements = (OpSys =="LINUX" && Arch =="X86_64")

should_transfer_files = YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT
transfer_input_files = TrCyb57Act.PHYLIP

notification = NEVER
output = RMBPCp.$(Process)
error = RMBPCp.$(Process)
log = RMBPCp.log

arguments =-m PROTCATMTREVF -s TrCyb57Act.PHYLIP -b 418260808 -n BOOT0
Queue

arguments =-m PROTCATMTREVF -s TrCyb57Act.PHYLIP -b 286988123 -n BOOT1
Queue

．．．．．．．

arguments =-m PROTCATMTREVF -s TrCyb57Act.PHYLIP -b 935017833 -n BOOT100
Queue


2007 年 3 月 23 日

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