Augustus

2014 年 10 月 6 日 改訂
井上 潤

Augustus は gene prediction を行うソフトウェアです.なま配列からエクソンやイントロンに別れた遺伝子を見つけ出します.web interface でも十分に解析を行うことができます.

 例題

NCBI のサイトで Search のメニューを Nucleotide にして,以下のコマンドを打ちます.Squalus (サメ・エイ類) のうち,アノテーションされているかどうかに関わらず 6000 bp 以上の DNA 断片をすべてリストアップします.

Squalus[Organism]600000:100000000[SLEN]

2010 年 7 月末の時点ではこちらだけがヒットしました.これを fasta 形式でダウンロードしました.

web interface にダウンロードした fasta ファイルをアップロードします.Organism から参照となるモデル生物のゲノム特徴を選びました (Homo sapiens にしました).あとはデフォルトです.run Augustus を押すと,2 分位で結果が得られました.

Upload cDNA に EST 配列などを入れておくと,これを参照して gene prediction を行ってくれるそうです.まだ使ったことがありません.